Para ser precisos la bandera de Puno tiene ausencia en lo que viene ser su historia ya que no se tiene registro alguno por escrito, está conformada por dos divisiones horizontales divididas igualmente la superior es de color celeste y la inferior es blanca.
Los colores de la bandera puneña tienen un significado variado según investigadores siendo lo más aceptado el celeste debido al cielo natural del lugar y por el lago Titicaca teniendo algo que ver las culturas pre incas ya que era algo especial para ellos, mientras el color blanco esta como bien se sabe es signo de lealtad, paz, entre otros adjetivos buenos como se pueden encontrar en sus pobladores que son amistoso y generosos con los visitantes.
En cuanto a lo que viene ser el departamento de Puno en el 2011 se eligió la bandera y escudo para la región, en este caso la bandera tiene un fondo celeste al igual que la provincial y el centro tiene la forma de una chacana con un sol en su interior.
Con respecto a la bandera que tiene el escudo de armas, este es usado por instituciones del gobierno exclusivamente como también para desfiles militares e izamientos de la bandera los domingos en la plaza central. Este escudo tiene más historia España que del Perú, pues uno de los principales motivos por la que fue diseñada es en honor a un comandante español que defendió la ciudad en su tiempo de invasión este fue Joaquín Antonio de Orellana y Quevedo.
Como datos adicionales podemos decir que un 12 de julio del 2012 el alcalde mando a remarcar el respeto por los símbolos patrióticos como este en Puno, los 28 de julio de cada año se celebra fiestas patrias del Perú en la cual esta bandera puneña es usada obligatoriamente ya que debe estar en cada casa teniendo multas económicas los que no lo acaten.