En principio los recursos naturales de Puno siguen siendo como lo fue desde antes de la llegada de los conquistadores y salvo durante un breve período de la Colonia un territorio fundamentalmente agropecuario. Puno produce alrededor del 12% de las papas que consume el Perú, más de las tres quintas partes de la cosedla de quinua, casi el 27% de la de oca, el 94% de la de cañihua. Es además el tercer productor de habas y el segundo de cebada.
El Altiplano pertenece, en lo que respecta a sus suelos, a la que Carlos Zamora Jimeno llama región “andosólica”, caracterizada por su altura, que va de los 3900 a los 4500 metros, y en la que el relieve es relativamente suave, cubierto de una vegetación de graminales alto andino y de algunas especies leñosas permanentes. En ella los suelos son poco profundos, someros, generalmente ácidos y con un horizonte superficial negro y rico en materia orgánica parcialmente descompuesta. Lo que podría ser un excelente suelo agrícola se ve, sin embargo, limitado por la altura y las condiciones climáticas rigurosas. Aun así, Puno podría incrementar su potencial agrícola con una mayor tecnificación. Acciones gubernamentales, como el Proyecto Especial Lago Titicaca, buscan mejorar los rendimientos agrícolas en base al mejor manejo de los recursos hídricos y de la rehabilitación de los Waruwarus, técnica ancestral de probada eficacia.
Pero aquellos terrenos más altos, que no pueden ser aprovechados por la agricultura, lo son por la ganadería. Así, Puno es también el primer criador de ovinos y de camélidos con lo que igualmente ocupa el primer puesto en la producción de lanas, y el segundo de vacunos.
La superficie de Puno es de 7238244 hectáreas, que se hallan distribuidas aproximadamente de la siguiente manera: tierras de cultivo en limpio 276000 (3.81%), de cultivo permanente 15000 (0.21%), pastos 2565000 (35.43%), de producción forestal 350000 (4.84%), tierras de protección 4032244 (55.71%). Una simple mirada a estas afras nos permite damos cuenta de los extremos: las mejores tierras son apenas poco más de un 10% de las de pastos, y más de la mitad, las llamadas de protección, son incultivables.
Durante la Colonia, Puno fue uno de los grandes emporios mineros del Perú. No sólo su célebre mina de Laycacota aportó ingentes cantidades de plata, sino los yacimientos de San Antonio de Esquiladle y los de oro de Carabaya, amén de otros menores, fueron el centro de la actividad productiva en ese período. Durante el siglo XVIII empieza la decadencia de la minería puneña y ella se acentúa en los dos siglos siguientes, al punto de que hoy Puno ya no figura como productor de plata y si bien su extracción ha aumentado en los últimos años, tampoco las cantidades de oro obtenidas son muy grandes: 379917 kilogramos en 1999, y 313954 kilogramos en el 2000, es decir de 2.96% y el 2.37%, respectivamente, de la producción nacional. Sin embargo, hay que anotar que existen perspectivas muy promisorias en los yacimientos de Poto, que requieren de una inversión en gran escala. En la provincia de Melgar, distrito de Antaura, ha entrado en operaciones la mina San Rafael produce en la actualidad 35 000 toneladas de estaño, lo que la convierte en la primera mina productora de este mineral.
Tampoco la actividad manufacturera está desarrollada. Puno aporta menos del 1% a la producción nacional de manufacturas. Las industrias más numerosas y que ocupan al mayor número de personas son las relacionadas con la fabricación de tejidos y prendas de vestir, la mayoría de ellas de neto carácter artesanal. Esta situación I resulta muy difícil de cambiar a corto plazo, dadas la pobreza del mercado rural y las desventajas de una ubicación alejada de los centros de consumo nacionales.
Sin embargo, una industria que sí está creciendo es la turística. Últimamente las actividades relacionadas con ella han experimentado un incremento significativo. Como ejemplo, sólo entre 1997 y 1999 el número de personas que trabaja en los restaurantes registrados de las ciudades de Puno y Juliaca ha pasado de 228 a 503. Para una economía deprimida como la de Puno, con un producto bruto interno muy bajo, de 3664 millones de nuevos soles en el 2001, que apenas representa el 3.02% del nacional, el turismo es un horizonte abierto y promisor.
En 1999, Puno contaba con una red vial de 5127 km, que representan el 6,56% del total nacional, de los cuales 629 km eran de vías asfaltadas. Puno fue durante la Colonia un punto de tránsito entre el Cuzco o Arequipa y las ciudades de Bolivia, y esa condición cobra ahora una nueva y mayor importancia, pues por el departamento no sólo pasan las carreteras y el ferrocarril que ofrecen a Bolivia una salida al mar, sino también lo hará la carretera transoceánica que unirá el Atlántico con el Pacífico.
Valor agregado bruto por actividades de Puno en miles de soles del año 2011.
Puno posee una economía diversa, sustentada en la agricultura, el comercio, la manufactura y el transporte. Con mayores inversiones, la minería podría convertirse en un puntal del crecimiento del VAB.
La producción de papa se ha mantenido más o menos estable en los últimos años; sin embargo, es muy vulnerable a las condiciones climáticas del Altiplano.
Puno es por mucho, el principal productor de lana de alpaca. La gran demanda del mercado externo hace que la producción aumente de manera significativa. Como vemos el departamento de Puno posee vastos recursos naturales con los cuales fortalece su economía.