En el departamento de Puno distinguimos tres tipos de climas: el de Suni, el de Puna, el de la Janca o cordillera y el tropical de la selva alta.
Clima de Suni y Puna en Puno
Estos climas son los que corresponden a toda la meseta de El Collao. Se caracterizan por sus bajas temperaturas medias anuales, que varían entre 0 y 10 grados centígrados. La temperatura mínima absoluta es siempre inferior a cero como en Juliaca -16.8 grados, con fuertes heladas durante el invierno, congelándose los charcos. La escarcha cubre el suelo y las plantas.
Son fríos, secos y con precipitaciones durante los meses de enero, febrero, marzo, abril, noviembre y diciembre; es decir durante todo el verano austral. El resto del año el aire se presenta despejado y transparente sin nubes, casi seco o con escasa humedad atmosférica y sin lluvias regulares, que corresponde al invierno austral de junio, julio y agosto.
Los factores climáticos que determinan los climas de la meseta del Collao son: la altitud y el lago Titicaca.
El lago Titicaca influye para que el frío sea atenuado. En efecto, las aguas del lago absorben durante el día abundante radiación solar, que las irradia en las noches, disminuyendo el rigor del frío nocturno, y haciendo posible la vida y las actividades agropecuarias. Como resultado, la meseta del Collao es el primer centro demográfico andino pues en ella viven más de un millón de peruanos y las áreas aledañas al lago son eminentemente agrícolas y ganaderas.
Clima de Janca o Cordillera en Puno
Es glacial, es decir extremadamente frío, con temperaturas medias inferiores a cero. Corresponde este clima a las cordilleras que rodean a la meseta del Collao: la volcánica, Vilcanota y Carabaya.
Clima de selva alta en Puno
En la selva alta de Puno, que corresponde a los pisos bajos del flanco septentrional de la cordillera de Carabaya, el clima tropical, es decir cálido moderado debido a su altitud, extremadamente húmedo y nuboso durante todo el año y con lluvias intensas. La humedad procede de la selva baja, al impulso de los vientos alisios, y la nubosidad se debe a la condensación del vapor de agua que hay en el aire y que se expresa en lluvias torrenciales. En consecuencia, es el sector más nuboso y más lluvioso del país.
Las características pluviales de cada año, determinan periodos de sequía o inundaciones. La presencia del fenómeno del Niño, es un agente perturbador de las condiciones atmosféricas, tal como ocurrió en 1983 cuando el porcentaje de precipitaciones se redujo al 32% de lo habitual y dio lugar a la peor sequía en 50 años.